La licence : dans un premier temps, une licence est remise par l’organisme de contrôle au producteur qui s’est engagé à respecter la réglementation européenne sur les modes de productions biologiques. Toutefois, à elle seule, la licence ne constitue pas une preuve du respect de cette réglementation.

Le contrôle : après délivrance de la licence, un contrôleur de l’organisme certificateur visite l’exploitation.

		Suivant un cahier des charges précis, il doit inspecter les lieux de stockage, le service comptabilité, les parcelles de production, et, s’il y a lieu, les ateliers de transformations et d’élevage.
		À l’issue du contrôle, un rapport de visite est établi par le certificateur et signé par l’agriculteur. Il atteste que l’agriculteur a bien été contrôlé.

Le certificat : le dossier de l’agriculteur est soumis, anonymement, à un comité réunissant des agriculteurs, des transformateurs, des consommateurs, des représentants de l’administration, etc. Ce comité délivre un avis qui doit être motivé. Si l’avis est favorable, un certificat de conformité est remis à l’agriculteur. Dès lors, ce dernier est autorisé à utiliser les termes d’agriculture biologique pour tout ou partie de sa production.

En cas de rejet : le refus d’attribution ou de renouvellement du certificat de conformité par le comité s’accompagne de décisions pouvant aller jusqu’à la sanction :

		Simple demande d’amélioration
		Nouveau contrôle au frais de l’agriculteur
		Avertissement pour faute grave
		Suspension de certificat sur une partie des produits de l’exploitation pour une période donnée
		Retrait pur et simple de la licence qui oblige l’agriculteur à repasser par une période probatoire de reconversion s’il souhaite maintenir son exploitation en mode de production biologique